玉石在形成过程中，原本在环境很稳定的岩层中，一旦地质运动使山脉河流发生巨大的改变，玉石的环境也不可避免受到影响，或裸露在地表或冲入河流中、或埋入其他岩石中。周围的环境，风吹日晒、水流冲刷、化学变化都不避免的影响的玉石的性质，使它发生改变，如颜色的改变。
原生色包括玉的本色：玉中杂质的颜色，玉与围岩相接之处玉与石交融的颜色，以及玉在成矿过程中再次交融、再次变质改变的颜色。和田玉的原生色又可分为白、黄、青、碧、墨等，它们之间的交融和玉中杂质色泽的参与，也会呈现不同的色彩。人们也往往依据玉的不同色彩来给玉命名，区分不同的玉种。
和田玉次生色：是后天经外力改变形成的颜色，按照外力的不同，又可分为天然次生色和人为次生色，二者的不同在于，前者是自然产生的，后者是通过人力改变。天然次生色完全是自然所为，如风化、淋滤、靠染、光照、氧化等，这些自然之力，使玉的原来颜色发生改变。人为次生色是玉被人开采之后，制作成为各种器物，由人盘磨、染色、随葬，后发掘出土，再为人所佩戴、把玩而造成的颜色改变。
天然次生色是玉形成之后，在漫长的地质年代，特别是褶皱上升到山上或初露地表之后，玉与周围的岩石、土壤、植物发生接触，通过渗透、浸泡、晾晒、靠染等作用，一些矿物成分进入玉中，玉中的一些矿物成分也会发生变化，这些都能改变玉石的原来颜色。同源山料冲到下游变成了籽料之后，因为经历的外界环境不同，时间长短的不同，“旅行”路途的不同，次生物质渗入玉中就不同，玉的表皮风化转色和玉质本身色泽的变化也就不同。这样才有了各种籽料不同的皮色与玉色。玉的这种颜色的改变完全是自然使入，非人为作用，所以称之为天然次生色。玉的原生色受到次生因素的侵扰，就会慢慢改变原来的颜色，这种物理、化学、人为环境的作用，使玉带上了次生颜色。
另外，染色和田玉的鉴定主要从颜色、外形和硬度等特征着手。和田玉籽料仿制品的颜色通常过于浓艳、漂浮、涩滞、呆死、不自然色调单一，裂纹处的颜色沿裂隙或棱线富集分布，与周围颜色差别较大，没有渐变过渡；有时可见其具有方向性，近似网状且干涩、不滋润。
要注意一些在裂纹处及周围的二次染色，放大观察可见裂纹中心的颗粒为整体或部分所染颜色，裂纹附近的颜色没有渗透深度，其边缘有涂抹感和漂浮感。做假皮的部位是在玉质疏松处称为死皮，这种皮色用开水一烫就容易褪色、变淡。
